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Mayo Clinic desarrolla software más veloz para análisis tumoral y acelera los descubrimientos oncológicos
ROCHESTER, Minnesota — 24 de febrero de 2014 — Los científicos de Mayo Clinic crearon otra llave para abrir el cerrojo de los secretos del genoma humano. El algoritmo de mapeo binario indexado, versión 3 (BIMA versión 3) es un algoritmo de computación muy disponible que identifica alteraciones en los genomas tumorales hasta 20 veces más rápido y con 25 por ciento mayor exactitud que otros programas conocidos de alineamiento genómico. Los resultados del BIMA se publicaron en la revista Bioinformática.
El BIMA es un algoritmo para mapeo y alineación de la secuenciación de nueva generación, que se personaliza para procesar secuenciaciones pareadas de bibliotecas. La secuenciación pareada (mate pair) es un método integral y costo-eficaz para detectar cambios en todo el genoma.
“El BIMA nos permite evaluar los genomas tumorales en una fracción del tiempo que toman muchas otras tecnologías conocidas”, comenta el Dr. George Vasmatzis, biólogo molecular de Mayo Clinic, director del Programa para Descubrimiento de Biomarcadores del Centro de Mayo Clinic para Medicina Personalizada y autor experto del trabajo. “Creemos que este método permitirá entender mejor la genómica tumoral y, en última instancia, conducirá a mejores terapias para los pacientes con cáncer.”
El trabajo menciona que cuando se realizó una comparación lado a lado con dos conocidos programas de alineamiento secuenciado, el BIMA rindió mejor en todas las categorías estudiadas que el Alineador Burrows-Wheeler y que el Novoalign; en cuanto a velocidad y medidas de confiabilidad, el BIMA versión 3 alineó secuencias tumorales con referencia genómica 20 veces más rápido y con una exactitud 25 por ciento mayor a la de sus competidores.
“Con este método se puede estudiar más rápidamente mayor cantidad de muestras de cáncer, lo que ha permitido descubrir nuevos biomarcadores en una variedad de enfermedades”, añade el Dr. Vasmatzis.
A fin de aplicar la secuenciación de nueva generación en la atención oncológica, es fundamental que los médicos entiendan mejor las alteraciones genómicas de los tumores individuales de sus pacientes, apostilla el Dr. Vasmatzis. Las versiones anteriores del BIMA ya condujeron a los descubrimientos de Mayo Clinic en la genómica del linfoma de células T, cáncer de próstata y cáncer de endometrio. Esta última versión se suma a las anteriores y ofrece más velocidad y confiabilidad.
El desarrollo futuro del BIMA incluye validarlo para su aplicación directa en la atención del paciente.
El año pasado, el Programa para Descubrimiento de Biomarcadores describió 13 marcadores para cáncer, muchos de los cuales derivaron directamente de la aplicación del software del BIMA.
El BIMA versión 3 fue un proyecto conjunto, implementado por el personal de los programas de Descubrimiento de Biomarcadores, Tecnología Informativa y Bioinformática del Centro de Mayo Clinic para Medicina Personalizada. El presente proyecto estuvo financiado por el Centro para Medicina Personalizada.
Otros autores del trabajo son Travis Drucker, Sarah Johnson, el Dr. Stephen Murphy, Kendall Cradic y el Dr. Terry Therneau, todos de Mayo Clinic.
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